Im südlichen Schiff befindet sich neben dem Epitaph der von Hessen-Rheinfels eine Gruft. 1846 wurde sie untersucht, wobei man Reste von Särgen, Gebeinen und Schädeln feststellte. Die Särge (von Rheinfels) waren nicht im Boden vergraben, sondern auf eiserne Querstangen gestellt. Die dazugehörige Gruftplatte kam 1953 bei der Entfernung des alten Fußbodens zum Vorschein. Ihre Inschrift lautet: „SOPHIA CAROLA / ERNST HASSIA / 1653 18. DEZ / CONSILIARIUS HASSIRE / ERNEST LANDGRAF II".
Im nördlichen Schiff liegt nahe dem Epitaph der von Degano die Begräbnisstätte der Familien Kratz von Scharfenstein und des F M. J. von Degano. 1926 wurden Marmorplatten mit den Inschriften der Kratz von Scharfenstein (wahrscheinlich: Antonius Kratz von Scharfenstein [t 1662] und Hugo Ernst Kratz von Scharfenstein [t 1718] entfernt, da die Schrift nicht mehr zu lesen war. Die Grabschächte sind mit Backsteinen ausgemauert und gewölbt. Die dazu gehörenden Grabplatten entdeckte man ebenfalls 1953. Ihre Inschriften: „ANNO DIE 28 SEPTEMBRIS / 1641 / ANNA JOANNA ANTONETTA / COMTISSA / GRAZ DE SCHARPFENSTEIN / OBYT DIE", „ANO 1650/11 Z BRIS / OBYT EODE ANO ET / DIE" und „SCHARPFFENSTEIN / ANNO 1646 / DIE Z MARTY / OBYT VERO DIE / ANNO 1651 / II. JANUARY". Alle drei Grabplatten waren nach dem Hochaltar hin ausgerichtet.

Weitere Gräber unter der Sakristei:

Bei der Schaffung eines Heizungskellers fand sich etwa 50 cm unter dem Sakristeifußboden eine Fundamentmauer von 80 cm Breite. Bei den Ausschachtungsarbeiten entdeckte man überall Knochen und Schädel. Denn hier lag einst die Totengruft der Kapuziner (1680-1813), die links neben der Klosterpforte zugänglich war.
Im Chor wurde 1969 von der Sakristei zur jenseitigen Chorwand ein Graben gezogen, um Heizungsrohre zu verlegen. Bei diesen Arbeiten kamen unmittelbar vor dem Hochaltar Reste menschlicher Skelette zum Vorschein. Der zusätzliche Fund eines alten Grabsteines lässt darauf schließen, dass sich hier die Gräber von Wohltätern befinden. Auf der sehr verwitterten Grabplatte war noch zu lesen: „ANTONIUS WEINANT 77". Bildhauer Arnold Morkramer aus Bruchertseifen fügte die alte Platte einer größeren aus Westerwälder Basalt ein und versah diese mit folgendem Text: „MOLITOR SYNDICUS APOSTOLICUS ET BENEFACTOR CAPUCINORUM BORNHOVIENSIS OB. 23. SEP. 25. V 1729 IN ECCLESIA BORNHOVIENSIS".